Analysis Framework for the J-PET Scanner

• Authors: W. Krzemień , A. Gajos , A. Gruntowski , K. Stola , D. Trybek , T. Bednarski , P. Białas , E. Czerwiński , D. Kamińska , Ł. Kapłon , A. Kochanowski , G. Korcyl , J. Kowal , P. Kowalski , T. Kozik , E. Kubicz , P. Moskal , Sz. Niedźwiecki , M. Pałka , L. Raczyński , Z. Rudy , P. Salabura , N. Sharma , M. Silarski , A. Słomski , J. Smyrski , A. Strzelecki , A. Wieczorek , W. Wiślicki , M. Zieliński , N. Zoń
• Languages of publication: EN

Abstracts

EN

J-PET analysis framework is a flexible, lightweight, ROOT-based software package which provides the tools to develop reconstruction and calibration procedures for PET tomography. In this article we present the implementation of the full data-processing chain in the J-PET framework which is used for the data analysis of the J-PET tomography scanner. The framework incorporates automated handling of PET setup parameters' database as well as high level tools for building data reconstruction procedures. Each of these components is briefly discussed.

Keywords

EN

87.57.nf; 87.57.uk; 29.85.-c

Discipline

• 87.57.nf: Reconstruction
• 87.57.uk: Positron emission tomography (PET)
• 29.85.-c: Computer data analysis

• Publisher: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences
• Journal: Acta Physica Polonica A
• Year: 2015
• Volume: 127
• Issue: 5
• Pages: 1491-1494

Dates

published

2015-05

Contributors

author

W. Krzemień

• High Energy Physics Division, National Centre for Nuclear Research, 05-400 Otwock-Świerk, Poland

author

A. Gajos

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

A. Gruntowski

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

K. Stola

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

D. Trybek

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

T. Bednarski

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

P. Białas

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

E. Czerwiński

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

D. Kamińska

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

Ł. Kapłon

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland
• Institute of Metallurgy and Materials Science of Polish Academy of Sciences, 30-059 Cracow, Poland

author

A. Kochanowski

• Faculty of Chemistry, Jagiellonian University, 30-060 Cracow, Poland

author

G. Korcyl

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

J. Kowal

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

P. Kowalski

• Świerk Computing Centre, National Centre for Nuclear Research, 05-400 Otwock-Świerk, Poland

author

T. Kozik

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

E. Kubicz

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

P. Moskal

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

Sz. Niedźwiecki

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

M. Pałka

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

L. Raczyński

• Świerk Computing Centre, National Centre for Nuclear Research, 05-400 Otwock-Świerk, Poland

author

Z. Rudy

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

P. Salabura

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

N. Sharma

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

M. Silarski

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

A. Słomski

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

J. Smyrski

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

A. Strzelecki

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

A. Wieczorek

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland
• Institute of Metallurgy and Materials Science of Polish Academy of Sciences, 30-059 Cracow, Poland

author

W. Wiślicki

• Świerk Computing Centre, National Centre for Nuclear Research, 05-400 Otwock-Świerk, Poland

author

M. Zieliński

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

author

N. Zoń

• Faculty of Physics, Astronomy and Applied Computer Science, Jagiellonian University, 30-348 Cracow, Poland

References

• [1] P. Moskal, Patents granted in 2014, N. EP2454612B1, WO2011008119, EP2454611, WO2011008118, Poland
• [2] P. Moskal, T. Bednarski, P. Białas, E. Czerwiński, Ł. Kapłon, A. Kochanowski, G. Korcyl, J. Kowal, P. Kowalski, T Kozik, W. Krzemień, M. Molenda, Sz. Niedźwiecki, M. Pałka, M. Pawlik, L. Raczyński, Z. Rudy, P. Salabura, N. G. Sharma, M. Silarski, A. Słomski, J. Smyrski, A. Strzelecki, W. Wiślicki, M. Zieliński, N. Zoń Radiother. Oncol. 110, S69 (2014)
• [3] P. Moskal, P. Salabura, M. Silarski, J. Smyrski, J. Zdebik, M. Zieliński, Bio-Algorithms Med-Syst. 7, 73 (2011)
• [4] P. Moskal, T. Bednarski, P. Białas, M. Ciszewska, E. Czerwiński, A. Heczko, M. Kajetanowicz, Ł. Kapłon, A. Kochanowski, G. Konopka-Cupiał, G. Korcyl, W. Krzemień, K. Łojek, J. Majewski, W. Migdał, M. Molenda, S. Niedźwiecki, M. Pałka, Z. Rudy, P. Salabura, M. Silarski, A. Słomski, J. Smyrski, J. Zdebik, M. Zieliński, Nucl. Med. Rev. 15, C68 (2012)
• [5] P. Moskal, T. Bednarski, P. Białas, M. Ciszewska, E. Czerwiński, A. Heczko, M. Kajetanowicz, Ł. Kapłon, A. Kochanowski, G. Konopka-Cupiał, G. Korcyl, W. Krzemień, K. Łojek, J. Majewski, W. Migdał, M. Molenda, S. Niedźwiecki, M. Pałka, Z. Rudy, P. Salabura, M. Silarski, A. Słomski, J. Smyrski, J. Zdebik, M. Zieliński, Nucl. Med. Rev. 15, C81 (2012)
• [6] P. Moskal, Sz. Niedźwiecki, T. Bednarski, E. Czerwiński, Ł. Kapłon, E. Kubicz, I. Moskal, M. Pawlik-Niedźwiecka, N.G. Sharma, M. Silarski, M. Zieliński, N. Zoń, P. Białas, A. Gajos, A. Kochanowski, G. Korcyl, J. Kowal, P. Kowalski, T. Kozik, W. Krzemień, M. Molenda, M. Pałka, L. Raczyński, Z. Rudy, P. Salabura, A. Słomski, J. Smyrski, A. Strzelecki, A. Wieczorek, W. Wiślicki, Nucl. Instrum. Methods Phys. Res. A 764, 317 (2014), doi: 10.1016/j.nima.2014.07.052
• [7] M. Pałka, T. Bednarski, P. Białas, E. Czerwiński, Ł. Kapłon, A. Kochanowski, G. Korcyl, J. Kowal, P. Kowalski, T. Kozik, W. Krzemień, M. Molenda, P. Moskal, Sz. Niedźwiecki, M. Pawlik, L. Raczyński, Z. Rudy, P. Salabura, N.G. Sharma, M. Silarski, A. Słomski, J. Smyrski, A. Strzelecki, W. Wiślicki, M. Zieliński, N. Zoń, Bio-Algorithms Med-Syst. 10, 41 (2014), doi: 10.1515/bams-2013-0104
• [8] G. Korcyl, P. Moskal, T. Bednarski, P. Białas, E. Czerwiński, Ł. Kapłon, A. Kochanowski, J. Kowal, P. Kowalski, T. Kozik, W. Krzemień, M. Molenda, Sz. Niedźwiecki, M. Pałka, M. Pawlik, L. Raczyński, Z. Rudy, P. Salabura, N. G. Sharma, M. Silarski, A. Słomski, J. Smyrski, A. Strzelecki, W. Wiślicki, M. Zieliński, N. Zoń, Bio-Algorithms Med-Syst. 10, 37 (2014), doi: 10.1515/bams-2013-0115
• [9] Website: BOOST, Available at: http://boost.org/
• [10] R. Brun, F. Rademakers, Nucl. Instrum. Methods Phys. Res. A 389, 81 (1997), doi: 10.1016/S0168-9002(97)00048-X
• [11] Website: Doxygen, available at: http://stack.nl/ dimitri/doxygen/
• [12] Website: TinyXML, available at: http://grinninglizard.com/tinyxml/
• [13] Website: Libconfig, available at: http://hyperrealm.com/libconfig/
• [14] Website: Libpqxx, available at: http://pqxx.org/development/libpqxx/
• [15] W. Krzemień, M. Silarski, K. Stola, D. Trybek, T. Bednarski, P. Białas, E. Czerwiński, Ł. Kapłon, A. Kochanowski, G. Korcyl, J. Kowal, P. Kowalski, T. Kozik, M. Molenda, P. Moskal, Sz. Niedźwiecki, M. Pałka, M. Pawlik, L. Raczyński, Z. Rudy, P. Salabura, N.G. Sharma, A. Słomski, J. Smyrski, A. Strzelecki, W. Wiślicki, M. Zieliński, N. Zoń Bio-Algorithms Med-Syst. 10, 33 (2014), doi: 10.1515/bams-2013-0109
• [16] W. Wiślicki, T. Bednarski, P. Białas, E. Czerwiński, Ł. Kapłon, A. Kochanowski, G. Korcyl, J. Kowal, P. Kowalski, T. Kozik, W. Krzemień, M. Molenda, P. Moskal, S. Niedźwiecki, M. Pałka, M. Pawlik, L. Raczyński, Z. Rudy, P. Salabura, N.G. Sharma, M. Silarski, A. Słomski, J. Smyrski, A. Strzelecki, A. Wieczorek, M. Zieliński, N. ZońBio-Algorithms Med-Syst. 10, 53 (2014), doi: 10.1515/bams-2014-0001
• [17] A. Słomski, Z. Rudy, T. Bednarski, P. Białas, E. Czerwiński, Ł. Kapłon, A. Kochanowski, G. Korcyl, J. Kowal, P. Kowalski, T. Kozik, W. Krzemień, M. Molenda, P. Moskal, Sz. Niedźwiecki, M. Pałka, M. Pawlik, L. Raczyński, P. Salabura, N. G. Sharma, M. Silarski, J. Smyrski, A. Strzelecki, W. Wiślicki, M. Zieliński, N. Zoń Bio-Algorithms Med-Syst. 10, 1 (2014), doi: 10.1515/bams-2013-0106
• [18] P. Białas, J. Kowal, A. Strzelecki, T. Bednarski, E. Czerwiński, Ł. Kapłon, A. Kochanowski, G. Korcyl, P. Kowalski, T. Kozik, W. Krzemień, M. Molenda, P. Moskal, Sz. Niedźwiecki, M. Pałka, M. Pawlik, L. Raczyński, Z. Rudy, P. Salabura, N. Gupta-Sharma, M. Silarski, A. Słomski, J. Smyrski, W. Wiślicki, M. Zieliński Acta Phys. Pol. B Proc. Suppl. 6, 1027 (2013), doi: 10.5506/APhysPolBSupp.6.1027
• [19] P. Białas, J. Kowal, A. Strzelecki, T. Bednarski, P. Białas, E. Czerwiński, K. Giergiel, Ł. Kapłon, A. Kochanowski, G. Korcyl, P. Kowalski, T. Kozik, W. Krzemień, M. Molenda, I. Moskal, P. Moskal, Sz. Niedźwiecki, M. Pałka, M. Pawlik, L. Raczyński, Z. Rudy, P. Salabura, N.G. Sharma, M. Silarski, J. Smyrski, A. Słomski, K. Szymański, W. Wiślicki, M. Zieliński, N. Zoń, Bio-Algorithms Med-Syst. 10, 9 (2014), doi: 10.1515/bams-2013-0111
• [20] E. Czerwiński, M. Zieliński, T. Bednarski, P. Białas, Ł. Kapłon, A. Kochanowski, G. Korcyl, J. Kowal, P. Kowalski, T. Kozik, W. Krzemień, E. Kubicz, M. Molenda, P. Moskal, Sz. Niedźwiecki, M. Pałka, M. Pawlik, L. Raczyński, Z. Rudy, P. Salabura, N. G. Sharma, M. Silarski, A. Słomski, J. Smyrski, A. Strzelecki, A. Wieczorek, W.Wiślicki, N. Zoń Bio-Algorithms Med-Syst. 10, 79 (2014), doi: 10.1515/bams-2014-0003
• [21] A. Gruntowski, M.Sc. Thesis, Jagiellonian University, 2014
• [22] P. Adlarson, W. Augustyniak, W. Bardan, M. Bashkanov, T. Bednarski, F. S. Bergmann, M. Berlowski, H. Bhatt, M. Buescher, H. Calen, H. Clement, D. Coderre, E. Czerwinski, K. Demmich, E. Doroshkevich, R. Engels, W. Erven, W. Eyrich, P. Fedorets, K. Foehl, K. Fransson, F. Goldenbaum, P. Goslawski, A. Goswami, K. Grigoryev, C.-O. Gullstroem, F. Hauenstein, L. Heijkenskjoeld, V. Hejny, F. Hinterberger, M. Hodana, B. Hoeistad, A. Jany, B. R. Jany, L. Jarczyk, T. Johansson, B. Kamys, G. Kemmerling, F. A. Khan, A. Khoukaz, S. Kistryn, J. Klaja, H. Kleines, B. Klos, M. Krapp, W. Krzemien, P. Kulessa, A. Kupsc, K. Lalwani, D. Lersch, L. Li, B. Lorentz, A. Magiera, R. Maier, P. Marciniewski, B. Marianski, M. Mikirtychiants, H.-P. Morsch, P. Moskal, B. K. Nandi, S. Niedzwiecki, H. Ohm, I. Ozerianska, E. Perez del Rio, P. Plucinski, P. Podkopal, D. Prasuhn, A. Pricking, D. Pszczel, K. Pysz, A. Pyszniak, C. F. Redmer, J. Ritman, A. Roy, Z. Rudy, S. Sawant, S. Schadmand, A. Schmidt, T. Sefzick, V. Serdyuk, N. Shah, M. Siemaszko, R. Siudak, T. Skorodko, M. Skurzok, J. Smyrski, V. Sopov, R. Stassen, J. Stepaniak, E. Stephan, G. Sterzenbach, H. Stockhorst, H. Stroeher, A. Szczurek, T. Tolba, A. Trzcinski, R. Varma, P. Vlasov, G. J. Wagner, W. Weglorz, M. Wolke, A. Wronska, P. Wuestner, P. Wurm, A. Yamamoto, X. Yuan, L. Yurev, J. Zabierowski, C. Zheng, M. J. Zielinski, W. Zipper, J. Zlomanczuk, P. Zupranski, M. Zurek Phys. Rev. C 87, 035204 (2013), doi: 10.1103/PhysRevC.87.035204
• [23] G. Amelino-Camelia, F. Archilli, D. Babusci, D. Badoni, G. Bencivenni, J. Bernabeu, R.A. Bertlmann, D.R. Boito, C. Bini, C. Bloise, V. Bocci, F. Bossi, P. Branchini, A. Budano, S.A. Bulychjev, P. Campana, G. Capon, F. Ceradini, P. Ciambrone, E. Czerwinski, H. Czyz, G. D'Ambrosio, E. Dané, E. De Lucia, G. De Robertis, A. De Santis, P. De Simone, G. De Zorzi, A. Di Domenico, C. Di Donato, B. Di Micco, D. Domenici, S. I. Eidelman, O. Erriquez, R. Escribano, R. Essig, G. V. Fedotovich, G. Felici, S. Fiore, P. Franzini, P. Gauzzi, F. Giacosa, S. Giovannella, F. Gonnella, E. Graziani, F. Happacher, B.C. Hiesmayr, B. Höistad, E. Iarocci, S. Ivashyn, M. Jacewicz, F. Jegerlehner, T. Johansson, J. Lee-Franzini, W. Kluge, V.V. Kulikov, A. Kupsc, R. Lehnert, F. Loddo, P. Lukin, M.A. Martemianov, M. Martini, M. A. Matsyuk, N.E. Mavromatos, F. Mescia, R. Messi, S. Miscetti, G. Morello, D. Moricciani, P. Moskal, S. Müller, F. Nguyen, E. Passemar, M. Passera, A. Passeri, V. Patera, M.R. Pennington, J. Prades, L. Quintieri, A. Ranieri, M. Reece, P. Santangelo, S. Sarkar, I. Sarra, M. Schioppa, P.C. Schuster, B. Sciascia, A. Sciubba, M. Silarski, C. Taccini, N. Toro, L. Tortora, G. Venanzoni, R. Versaci, L.-T. Wang, W. Wislicki, M. Wolke, J. Zdebik, Eur. Phys. J. C 68, 619 (2010), doi: 10.1140/epjc/s10052-010-1351-1
• [24] E. Czerwinski, P. Moskal, M. Silarski, S.D. Bass, D. Grzonka, B. Kamys, A. Khoukaz, J. Klaja, W. Krzemien, W. Oelert, J. Ritman, T. Sefzick, J. Smyrski, A. Taschner, M. Wolke, M. Zielinski, Phys. Rev. Lett. 113, 062004 (2014), doi: 10.1103/PhysRevLett.113.062004
• [25] T. Galatyuk, Nucl. Phys. A 931, 41 (2014), doi: 10.1016/j.nuclphysa.2014.10.044
• [26] L. Raczyński, P. Moskal, P. Kowalski, W. Wislicki, T. Bednarski, P. Białas, E. Czerwinski, Ł. Kapłon, A. Kochanowski, G. Korcyl, J. Kowal, T. Kozik, W. Krzemien, E. Kubicz, M. Molenda, I. Moskal, Sz. Niedźwiecki, M. Pałka, M. Pawlik-Niedźwiecka, Z. Rudy, P. Salabura, N.G. Sharma, M. Silarski, A. Słomski, J. Smyrski, A. Strzelecki, A. Wieczorek, M. Zieliński, N. Zoń, arXiv: 1407.8293, (2014)
• [27] P. Moskal, N. Zoń, T. Bednarski, P. Białas, E. Czerwiński, A. Gajos, D. Kamińska, Ł. Kapłon, A. Kochanowski, G. Korcyl, J. Kowal, P. Kowalski, T. Kozik, W. Krzemień, E. Kubicz, Sz. Niedźwiecki, M. Pałka, L. Raczyński, Z. Rudy, O. Rundel, P. Salabura, N.G. Sharma, M. Silarski, A. Słomski, J. Smyrski, A. Strzelecki, A. Wieczorek, W. Wiślicki, M. Zieliński Nucl. Instrum. Methods Phys. Res. A 775, 54 (2015), doi: 10.1016/j.nima.2014.12.005

Identifiers

DOI

10.12693/APhysPolA.127.1491