Search results

1

Profil ekspresji genów w gwiaździakach włosowatokomórkowych wieku dziecięcego w odniesieniu do lokalizacji, obrazu radiologiczno‑morfologicznego i przebiegu klinicznego choroby

100%

Zakrzewska M.

|

2011

|

vol. 11

|

issue 3

135-198

EN

Pilocytic astrocytoma (PA) is the most common type of brain tumour in paediatric population connected with favourable prognosis although in numbered cases recurrence or dissemination could be observed. PA accounts for 30% of all brain tumours occurring in children. The tumours affect various anatomical structures and show different radiological appearance. Genetics of this tumour as well as the plausible correlations between molecular profile and clinical course of the disease and/or radiological features are still undefined. The purpose of our research was the identification of gene expression profiles related to localization and radiological features of pilocytic astrocytomas and clinical course of the disease. Eighty six children with PAs, operated on in the Department of Neurosurgery, Polish Mother’s Memorial Hospital Research Institute, were included in this study. The group was comprised of 55 males and 31 females. The mean age of patients at the time of diagnosis was 7 years (ranging from 1 to 17 years). All specimens were diagnosed at the Department of Molecular Pathology and Neuropathology Medical University of Lodz, according to the WHO criteria. The analysis was done by high density oligonucleotide microarrays (GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0) in 50 snap‑frozen tissue samples diversified in terms of localization (28 cerebellar tumours, 11 optic tracts and hypothalamic tumours, 9 hemispheric tumours, 2 brain stem tumours), radiological appearance (27 solid or mainly solid tumours, 10 cystic tumours where the mural nodule and the cyst wall were enhanced, 8 cystic tumours where only the mural nodule was enhanced, 5 largely necrotic tumours) and clinical course (5 cases of progressive disease after subtotal resection, 2 cases connected with neurofibromatosis type 1). Bioinformatic analyses with using Bioconductor packages were done after normalization of data with using GC‑RMA algorithm. Gene expression profile of pilocytic astrocytomas highly depends on the tumour localization. This correlation reach statistical significance (p=0.001). Eight hundred sixty‑two probesets differentiated tumours of different localization with high significance of global test. Most prominent differences were noted for IRX2, PAX3, CXCL14, LHX2, SIX6, CNTN1 and SIX1 genes. Analysis of the genes differentiating between radiological features showed much weaker transcriptome differences, with the borderline significance in the global test of association (p=0.88). No genes showed significant association with the tendency to progression in univariate analysis (p=0.83). The results of microarray analysis were confirmed by QRT‑PCR. In the conclusion we showed that gene expression profile in pilocytic astrocytomas is connected with tumour localization and such relationship suggest different origin of PA arising within various anatomical brain structures. Morphological and radiological features as well as clinical course of disease seem not to be associated with different gene expression pattern.

PL

Gwiaździak włosowatokomórkowy (pilocytic astrocytoma, PA) jest najczęstszym nowotworem mózgu występującym u dzieci, u których stanowi około 30% wszystkich nowotworów ośrodkowego układu nerwowego. Biologia molekularna tego nowotworu, pomimo jego częstego występowania w populacji dziecięcej, nie została dotąd wystarczająco poznana, a ewentualnego związku pomiędzy obecnością zaburzeń molekularnych a parametrami klinicznymi nie zdefiniowano na poziomie pozwalającym wykorzystać wyniki badań genetycznych w sferze działań klinicznych. Celem projektu było ustalenie profili ekspresji genów różnicujących gwiaździaka włosowatokomórkowego wieku dziecięcego w zależności od jego umiejscowienia, obrazu radiologiczno‑morfologicznego oraz przebiegu klinicznego choroby. Do badań zakwalifikowano nowotworowy materiał tkankowy pochodzący od 86 dzieci (55 chłopców, 31 dziewcząt) w wieku od 1 do 17 lat (mediana 7 lat). Wszystkie przypadki zostały zdiagnozowane w Zakładzie Patologii Molekularnej i Neuropatologii Uniwersytetu Medycznego w Łodzi w oparciu o kryteria bieżącej klasyfikacji nowotworów ośrodkowego układu nerwowego według WHO. Badania mające na celu identyfikację istotnych biologicznie odchyleń w ekspresji genów przeprowadzono przy użyciu mikromacierzy wysokiej gęstości Human Genome U133 Plus 2.0 (Affymetrix) w 50 przypadkach gwiaździaków włosowatokomórkowych. Badana grupa była zróżnicowana pod względem lokalizacji (28 nowotworów móżdżku i komory IV, 11 nowotworów dróg wzrokowych i podwzgórza, 9 nowotworów półkul mózgu, 2 nowotwory pnia mózgu), obrazu radiologiczno‑morfologicznego (27 nowotworów litych, 10 nowotworów torbielowatych, w których wzmocnieniu kontrastowemu ulegały ściana torbieli i guzek przyścienny, 8 nowotworów torbielowatych z guzkiem przyściennym, w których wzmocnieniu kontrastowemu ulegał tylko guzek przyścienny, 5 nowotworów z obecnymi cechami martwicy centralnej) i przebiegu klinicznego choroby (5 przypadków z cechami klinicznymi progresji choroby po resekcji subtotalnej, 2 przypadki rozwijające się w przebiegu neurofibromatozy typu 1.). Po normalizacji wyników przy użyciu algorytmu GC‑RMA przeprowadzono analizy bioinformatyczne wykorzystujące przede wszystkim pakiet Bioconductor. Wyselekcjonowano 862 geny różnicujące gwiaździaki włosowatokomórkowe pod względem umiejscowienia anatomicznego i wykazano obecność istotnej zależności statystycznej pomiędzy profilem ekspresji genów w odniesieniu do lokalizacji zmiany (p=0,001). Na podstawie uzyskanych wyników dokonano wyboru genów będących markerami molekularnymi dla nowotworów rozwijających się w poszczególnych lokalizacjach (IRX2, PAX3, CXCL14, LHX2, SIX6, CNTN1, SIX1). Nie wykazano możliwości zróżnicowania badanej grupy w zależności od obrazu radiologiczno‑morfologicznego. Geny najlepiej różnicujące badaną grupę cechowały się małą amplitudą zmian i brakiem znamienności statystycznej (p=0,88). Podobnie progresja choroby nie była związana z profilem ekspresji genów (p=0,83). Walidację uzyskanych wyników przeprowadzono w oparciu o QRT‑PCR. Przeprowadzone analizy pozwoliły stwierdzić, że gwiaździakiwłosowatokomórkowe w zależności od lokalizacji anatomicznej posiadają charakterystyczny profil ekspresji genów, sugerujący ich różne pochodzenie. Z kolei obraz radiologiczno‑morfologiczny oraz przebieg kliniczny choroby nie mają związku z całkowitym profilem ekspresji genów.

2

Molekularna charakterystyka nowotworowych komórek macierzystych i progenitorowych rdzeniaka

63%

Zakrzewska M., Liberski P. P.

|

2011

|

vol. 11

|

issue 2

91-95

EN

Medulloblastoma is the most common type of embryonal tumours in paediatric population. Recently, on the basis of modern molecular analyses comprising gene expression profiling several molecular subtypes of that tumour were described. One of the conclusions from such studies is plausible different cellular origin of medulloblastoma with various molecular profiles. Up to now two main origins of precursors were proposed for this type of tumour, external granule layer (EGL) and cerebellar ventricular zone (CVZ). Recently other structures containing such cells (white matter of the cerebellum, rhombic lip, Bergmann glia) were also identified. Neural stem cells and/or progenitors existing within those regions have capacity to self-renew, multilineage differentiation and tendency to neurosphere formation. Molecular alterations of precursor cells can transform them into tumour stem cells (TSC). TSC, like normal stem cells frequently expresses CD133 protein, what was observed also in medulloblastoma. Moreover, CD133-negative cells without neurosphere- like formation were also detected. Expression of ATOH1 gene was proposed for identification of this type of cells. Among other markers of TSC in medulloblastoma, expression of FUT4, CXCR4, NGFR, CALB1, OTX2, SOX2 and SOX9 genes was mentioned. Proper identification of tumour stem cells and progenitor cells in this high grade tumour may become useful for individualizing of the therapy in children with medulloblastoma.

PL

Rdzeniak (medulloblastoma, MB) jest w populacji dziecięcej najczęstszym nowotworem ośrodkowego układu nerwowego (OUN) pochodzenia zarodkowego. W ostatnich latach, głównie w oparciu o profilowanie genomowe, wyróżniono kilka podtypów molekularnych tego nowotworu, co wskazuje na jego niejednorodne pochodzenie komórkowe. Głównymi źródłami komórek prekursorowych rdzeniaka są zewnętrzna warstwa ziarnista móżdżku (external granular layer, EGL) oraz komórki warstwy okołokomorowej (cerebellar ventricular zone, CVZ). Wśród innych struktur mogących je zawierać wymienia się istotę białą móżdżku, dół równoległoboczny oraz glej gwiaździsty Bergmanna. Neuralne komórki macierzyste i/lub progenitorowe obecne w tych obszarach charakteryzują zachowanie zdolności do samoodnowy i wielokierunkowego różnicowania oraz zdolność do tworzenia neurosfer. Zachodzące w nich zmiany molekularne przyczyniają się do ewolucji w kierunku nowotworowych komórek macierzystych (tumuor stem cells, TSC). Jedną z cech większości nowotworowych komórek macierzystych jest dodatni odczyn na obecność białka CD133, obserwowany także w pewnej populacji komórek rdzeniaka. Ponadto w utkaniu rdzeniaka stwierdza się obecność komórek CD133-negatywnych zachowujących właściwości nowotworowych komórek macierzystych, ale pozbawionych zdolności do tworzenia neurosfer. Markerem ich obecności w rdzeniaku miałaby być ekspresja genu ATOH1. Wśród innych molekularnych czynników identyfikujących nowotworowe komórki macierzyste w tym nowotworze wymieniano produkty białkowe genów FUT4, CXCR4, NGFR, CALB1, OTX2, SOX2 i SOX9. Właściwa identyfikacja nowotworowych komórek macierzystych i/lub progenitorowych stanowi podstawę do definiowania nowych celów terapeutycznych i ukierunkowanego leczenia dzieci z tym wysoce złośliwym nowotworem.

3

Utrata heterozygotyczności w nowotworach mózgu pochodzenia zarodkowego u dzieci

63%

Zakrzewska M., Liberski P. P.

Aktualności Neurologiczne

|

2005

|

vol. 5

|

issue 3

171-182

EN

Embryonal tumours, the most common group of malignant solid tumours in children consist about 12-25% of all brain tumours of childhood. The most frequent types are: medulloblastoma (MB), supratentorial primitive neuroectodermal tumour (sPNET) and atypical teratoid/rhabdoid tumour (AT/RT). The loss of genetic material in embryonal tumours is the most often described abnormality, which may be confirmed by loss of heterozygosity analysis (LOH). This method is used to identifying regions harboring putative suppressor genes. 35 children (18 male and 17 female), aged from one year to 13 years were included in this study. There were 26 MB, six sPNETs and three AT/RTs. DNA isolated from tumour tissues and blood samples (control) was amplified in polymerase chain reaction (PCR) with polymorphic markers. Molecular analyses were performed for 35 primary and 12 recurrent tumours. LOH was found in 21 primary tumours (60%). In 14 cases no alteration for all analysed region was confirmed. LOH was detected most often on chromosomes 17p, 22q and 10q. There was no alterations on chromosomes 1p, 1q and 5q. Progression of the molecular changes occurred in one case of recurrent medulloblastoma. LOH on 10q and 17p was found in both primary and recurrent tumour, while losses on 16p and 16q occurred only in the recurrent tumour. The occurrence of LOH in the particular types of tumours is quite different and not specific. Progression of molecular changes in recurrent tumors is rare event and could be connected with radiotherapy.

PL

Nowotwory mózgu pochodzenia zarodkowego są najliczniejszą grupą złośliwych nowotworów litych u dzieci, u których stanowią około 12-25% wszystkich rozrostów nowotworowych zlokalizowanych w ośrodkowym układzie nerwowym (OUN). Najczęściej rozpoznawaną jednostką z tej grupy nowotworów jest rdzeniak (MB), nieco rzadziej nadnamiotowy prymitywny nowotwór neuroektodermalny (sPNET) oraz atypowy nowotwór teratoidny/rabdoidny (AT/RT). Utrata materiału genetycznego jest w tych nowotworach częstym zjawiskiem, które można stwierdzić m.in. dzięki ocenie obecności utraty heterozygotyczności (loss of heterozygosity, LOH). Wykorzystywane jest ono do identyfikacji regionów chromosomalnych mogących zawierać geny supresorowe transformacji nowotworowej. Analizie poddano materiał pochodzący od 35 dzieci (17 dziewcząt i 18 chłopców) w wieku 1-13 lat. Wśród badanych nowotworów znajdowało się 26 MB, 6 sPNET i 3 AT/RT. Badana grupa obejmowała 35 przypadków nowotworów pierwotnych i 12 przypadków nowotworów nawrotowych. DNA, wyizolowany z tkanek nowotworowych oraz z leukocytów krwi obwodowej (materiał kontrolny), powielano podczas reakcji łańcuchowej polimerazy (polymerase chain reaction, PCR) przy użyciu syntetycznych starterów oligonukleotydowych. W grupie nowotworów pierwotnych LOH stwierdzono w 21 przypadkach (60%). W 14 przypadkach nie potwierdzono LOH w żadnym z badanych obszarów. Najwięcej przypadków LOH odnotowano na chromosomach 17p, 22q i 10q, natomiast w żadnym przypadku nie stwierdzono LOH na chromosomach 1p, 1q i 5q. W jednym przypadku nowotworu nawrotowego zdiagnozowano progresję zmian molekularnych. W nowotworze pierwotnym LOH obecna była na chromosomie 10q i 17p, z kolei w nowotworze nawrotowym dodatkowe obszary delecji obejmowały oba ramiona chromosomu 16. LOH występuje z różną częstością w poszczególnych typach histologicznych nowotworów pochodzenia zarodkowego i w większości przypadków nie ma charakteru zmian swoistych. Progresja zmian molekularnych w nawrotowych nowotworach pochodzenia zarodkowego jest zjawiskiem wyjątkowo rzadkim i może być następstwem radioterapii.

4

Podłoże molekularne rdzeniaka wieku dziecięcego

63%

Zakrzewska M., Liberski P. P.

|

EN

Medulloblastoma is the most common type of embryonal tumour in paediatric population. This entity represents up to 4% of all intracranial neoplasms in the whole population and 20-25% of all brain tumours in children. The majority of tumours is located within vermis and fourth ventricle. Due to its frequency, histological aggressiveness, and unfavourable outcome, the treatment of children with medulloblastoma is a great clinical problem. According to the newest achievements of molecular biology, the significant heterogeneity of this tumour was confirmed. The most frequent types of molecular abnormalities detected in medulloblastoma were SHH and WNT pathways activation, MYC amplification and isochromosome i17q presence. Recently, on the basis of modern molecular analyses comprising gene expression profiling, several molecular subtypes of that tumour were described. Among them there were two subgroups connected with SHH and WNT pathways activation. SHH type medulloblastomas showed frequent CTNNB1 gene mutations and monosomy of chromosome 6. The PTCH and SUFU mutations accompanied by loss of chromosome 9 were identified in WNT type.Remaining subgroups distinguished on the basis of transcriptome analyses were not so clearly characterized and their number varied in particular molecular studies. This paper is a review of the latest data describing molecular background of medulloblastoma.

PL

Rdzeniak jest najczęstszym nowotworem ośrodkowego układu nerwowego pochodzenia zarodkowego występującym w wieku dziecięcym. W populacji ogólnej guz ten stanowi około 4%, natomiast u dzieci – 20-25% wszystkich nowotworów ośrodkowego układu nerwowego. Rdzeniak rozwija się tylko w obrębie tylnego dołu czaszki (podnamiotowo). Najczęściej umiejscowiony jest w robaku móżdżku i komorze IV mózgu. Ze względu na częstość występowania, wysoki stopień złośliwości histologicznej i związany z tym niekorzystny przebieg choroby rdzeniak stanowi poważny problem kliniczny. Ostatnio dzięki zaawansowanej diagnostyce molekularnej wykazano znaczną heterogenność tych nowotworów. Wśród najczęściej obserwowanych zaburzeń molekularnych wymienia się aktywację szlaków przekazywania sygnałów komórkowych SHH i WNT, amplifikację genu MYC i obecność izochromosomu i17q. W oparciu o wykorzystanie nowoczesnych metod biologii molekularnej, m.in. profilowania genomowego, wyodrębniono kilka podtypów molekularnych tego nowotworu. Wśród nich wyróżniają się dwie spójne podgrupy związane z aktywacją szlaków WNT i SHH. Nowotwory uwarunkowane aktywacją pierwszego ze szlaków cechują częste mutacje genu CTNNB1 i zmiany pod postacią monosomii chromosomu 6. Rdzeniaki, których profil genowy wskazuje na aktywację drugiego ze szlaków, prezentują częste mutacje genów PTCH i SUFU oraz delecję ramienia długiego chromosomu 9. Pozostałe podtypy molekularne określone na podstawie analizy transkryptomów nie są już tak dobrze scharakteryzowane i w zależności od opracowania różnią się liczbą wyróżnionych podgrup. Praca jest aktualnym przeglądem piśmiennictwa opisującego podłoże molekularne rdzeniaka, które w niedalekiej przyszłości może zostać wykorzystane w praktyce klinicznej do indywidualizacji terapii u dzieci z tym nowotworem.

5

The incidence of pulmonary tuberculosis among the homeless in north-eastern Poland

45%

Romaszko J., Buciński A., Kuchta R., Bednarski K., Zakrzewska M.

Open Medicine

|

2013

|

vol. 8

|

issue 2

283-285

EN

Tuberculosis (TB) is a disease particularly affecting the poorest socioeconomic groups. One such group in Central Europe are the homeless. We developed a prevention programme that targets, among others, homeless individuals in Warmia and Mazury Province (in the northeast of Poland). We investigated 121 homeless persons. We performed surveys, X-rays and microbiological tests of the sputum for TB. Five cases of pulmonary TB were found. The prevalence of TB in this community was estimated at 4132 per 100,000 (4.13%). Efficient TB control justifies continued prevention programmes aimed at the systematic monitoring of the homeless population.

Refine search results

4 Aktualności Neurologiczne

1 Open Medicine

1 2013

3 2011

1 2005

5 Zakrzewska M.

3 Liberski P. P.

1 Bednarski K.

1 Buciński A.

1 Kuchta R.

1 Romaszko J.

Profil ekspresji genów w gwiaździakach włosowatokomórkowych wieku dziecięcego w odniesieniu do lokalizacji, obrazu radiologiczno‑morfologicznego i przebiegu klinicznego choroby

Molekularna charakterystyka nowotworowych komórek macierzystych i progenitorowych rdzeniaka

Utrata heterozygotyczności w nowotworach mózgu pochodzenia zarodkowego u dzieci

Podłoże molekularne rdzeniaka wieku dziecięcego

The incidence of pulmonary tuberculosis among the homeless in north-eastern Poland