Search results

Sort By:

Limit search:

Metody badawcze we współczesnej taksonomii porostów

100%

Guzow-Krzemińska B., Kukwa M.

Kosmos

2013

vol. 62

issue 1

95-103

Porosty to symbiotyczne układy tworzone przez co najmniej dwa genetycznie odmienne organizmy: grzyba, zielenicę lub sinicę. Systematyka porostów stanowi integralną część systemu klasyfikacyjnego grzybów i nazwa mikobionta jest nazwą gatunkową porostu, który tworzy, natomiast organizm autotroficzny klasyfikowany jest niezależnie. W pracy omówione są metody badawcze współcześnie stosowane w taksonomii porostów. Dane morfologiczno-anatomiczne oraz cechy chemiczne od wielu lat są wykorzystywane do identyfikacji porostów. Za pomocą prostych testów plamkowych, mikrokrystalizacji oraz metod chromatograficznych (TLC, HP TLC i HPLC) identyfikowane są wtórne metabolity obecne w plechach porostów. Jednak współczesne badania molekularne sugerują konieczność weryfikacji znaczenia taksonomicznego poszczególnych cech, zarówno anatomicznych, morfologicznych jak i chemicznych. W oparciu o zmienność na poziomie DNA identyfikowane są gatunki kryptyczne, których odrębność potwierdzają w dalszych analizach drobne cechy morfologiczno-anatomiczne. Przez wiele lat identyfikacja f otobiontów możliwa była jedynie po izolacji szczepu z plechy i jego hodowli w stanie aposymbiotycznym. Jednakże wykorzystanie specyficznych starterów pozwalających na selektywną amplifikację DNA partnerów glonowych pozwala zidentyfikować gatunki fotobiontów bez czasochłonnych hodowli in vitro. Markery DNA wykorzystywane jako barkody stanowią nowe narzędzie do oznaczania gatunków. Ponadto, rozwój technologii informacyjnych stworzył nowe możliwości rozpowszechniania i wymiany danych taksonomicznych. Tworzone są bazy danych dostępne on-line zawierające informacje na temat różnorodności porostów w poszczególnych obszarach geograficznych, bazy znanych i nowo opisanych taksonów, wyszukiwarki barkodów DNA, bazy literatury taksonomicznej i interaktywnych kluczy do oznaczania. Opracowywane są również elektroniczne klucze do oznaczania porostów, które powinny ułatwić identyfikację okazów.

Lichens are symbiotic associations, composed of a fungus and green alga, and/or cyanobacterium, but lichen systematics deals with their fungal partners and photobionts are classified separately. In the paper research methods used in lichen taxonomy are briefly reviewed. Besides morphological and anatomical studies, chemotaxonomy became a very important tool for identification of lichens. Using simple spot tests, microcrystal tests and chromatography (TLC, HPTLC and HPLC) secondary metabolites are identified. With the introduction of molecular approaches, traditionally used characters, such as anatomy, morphology and chemistry need to be re-evaluated. Cryptic species are identified based on molecular variation and hidden biodiversity is being discovered. For many years identification of lichen photobionts was possible only after isolation and aposymbiotic growth of an algal strain. However, using specific primers appropriate molecular markers are amplified and the algal partners are identified without time-consuming in vitro culture. DNA markers used as barcodes provide a new tool for determination of species. Moreover, the development of information technology created new opportunities for dissemination and exchange of taxonomical data. On-line databases containing information on lichens from particular areas, newly described taxa, DNA barcodes, taxonomical literature etc. and interactive determination keys are being developed.

Phylogenetic relationship of the stringent response-related genes of marine bacteria

81%

Guzow-Krzemińska B., Gąsior T., Szalewska-Pałasz A.

2015

vol. 62

issue 4

773-783

Bacteria living in marine environment encounter various challenges and limitations, thus in order to survive, they need to employ efficient stress-response mechanisms. One of these mechanisms is the stringent response, where unusual nucleotides, guanosine tetra- and pentaphosphates, herald starvation and physico-chemical stresses. All so far sequenced free-living bacteria contain the gene(s) responsible for (p)ppGpp synthesis - rsh (named after Escherichia coli genes, relA and spoT). Two similar genes were identified mostly in β- and γ-proteobacteria while other bacteria have only one gene coding the dual function of (p)ppGpp synthesis and degradation. Although the presence of (p)ppGpp-mediated response to the stress conditions has been shown for a few, and predicted for some other marine microorganisms, the (p)ppGpp effects may vary among different organisms. Thus, in this work we asked whether marine bacteria could have evolved a genetic adaptation specifically suited to adapt to environment with limited resources. The phylogenetic analyses of SpoT, RelA and RSH proteins from organisms associated with marine environment showed, however, that the evolutionary correlations obtained for these proteins are congruent with those constructed for 16S rRNA sequences and reflect taxonomical relationships of these organisms. Likewise, the similarity of specific amino acid residues indispensable for catalytic activity of these enzymes is very high, and any observed changes parallel with the taxonomical and evolutionary relationships. However, potential homologs of Mesh1 enzyme (metazoan SpoT homologs) that occur in both eukaryotic and prokaryotic organisms and contain the hydrolytic domain orthologous to SpoT were identified in Cellulophaga, Erythrobacter and Flavobacterium genera for the first time, as well as in soil bacterium Cytophaga hutchinsonii and freshwater Rhodothermus marinus.

Refine search results

1 Acta Biochimica Polonica

1 Kosmos

1 2015

1 2013

2 Guzow-Krzemińska B.

1 Gąsior T.

1 Kukwa M.

1 Szalewska-Pałasz A.

Search results

Metody badawcze we współczesnej taksonomii porostów

Phylogenetic relationship of the stringent response-related genes of marine bacteria