Wizualizacje w świecie mikroskopii świetlnej

• Authors: Artur Wolny

Title variants

EN

Visualizations in the world of light microscopy

• Languages of publication: PL EN

Abstracts

PL

Wizualizacje i rekonstrukcje w mikroskopii świetlnej, pozwalają na lepszą analizę i obserwację preparatów. Przed przystąpieniem do wizualizacji należy właściwie dobrać parametry skanowania mikroskopu, aby możliwie jak najdokładniej odwzorować struktury obiektów. Niniejszy artykuł przedstawia i omawia podstawowe zagadnienia, z którymi użytkownik spotyka się podczas akwizycji obrazów. Dotyczą one właściwego ustawienia rozdzielczości, rozmiaru piksela i woksela, szybkości skanowania, wielkości zoom oraz formatu skanu. Przedstawione zostały także możliwości filtracji obrazu oraz dekonwolucja, a także metody reprezentacji trójwymiarowych danych: projekcje, rendering objętościowy i rendering powierzchniowy oraz możliwość dodatkowej ingerencji w wygląd końcowy obiektów za pomocą programów do modelowania i animacji 3D.

EN

Visualization and reconstruction in light microscopy allow us to better analyze and observe our specimens. Prior to the visualization microscope scanning parameters should be selected to reproduce as closely as possible the structure of objects. This article presents and discusses the fundamental issues with which you meet in image acquisition, ie: resolution, pixel and voxel size, scan speed, zoom, scan size. The author outlines possible image filtering and deconvolution. At the end, the three methods were discussed for three-dimensional representation: projections, volume rendering, surface rendering and the possibility of additional interference with the final appearance of objects using the software for 3D modeling and animation.

• Journal: Kosmos
• Year: 2013
• Volume: 62
• Issue: 2
• Pages: 161-170

Dates

published

2013

Contributors

author

Artur Wolny

• Pracownia Mikroskopii Konfokalnej Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN Pasteura 3, 02-093 Warszawa, Polska

References

• Centonze V., Pawley J. B., 2006. Tutorial on Practical Confocal Microscopy and Use of the Confocal Test Specimen. [W:] Handbook of biological confocal microscopy. Pawley J. B. (red.). Springer-Verlag US, Springer, 627-647.
• Trusk T. C., 2011. 3D Reconstruction of Confocal Image Data. [W:] Basic Confocal Microscopy. Price R. L., Graj J. (red). Springer Science+Business Media, Nowy Jork, 280-315.
• White N. S., 2006.Visualization Systems for Multi-Dimensional Microscopy Images. [W:] Handbook of biological confocal microscopy. Pawley J. B. (red.). Springer-Verlag US, Springer, 280-315.