PL EN


Preferences help
enabled [disable] Abstract
Number of results
Journal
2011 | 60 | 3-4 | 491-497
Article title

Kolejny wielki genom poznany przy udziale polskich laboratoriów genom ziemniaka zsekwencjonowany

Content
Title variants
EN
Next eukaryotic genome revealed with cooperation of the polish laboratories. Potato genome sequenced
Languages of publication
PL EN
Abstracts
PL
W połowie lipca 2011, w Nature ukazał się artykuł "Sekwencja genomu ziemniaka i jej analiza" autorstwa Konsorcjum Sekwencjonowania Genomu Ziemniaka (PGSC). W skład tego Konsorcjum wchodziły 32 zespoły z 14 krajów - znaczących producentów ziemniaków. Współautorami ze strony polskiej, tej wielo autorskiej pracy (94 badaczy, 25 zespołów wiodących) byli członkowie zespołu z Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN. Prace Konsorcjum, rozpoczęte w 2007 roku, wspierane były przez rządy państw uczestniczących w programie, w tym Polskiego Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego, (projekt 47/PGS/2006/01). To trzeci wielki genom (po S. cerevisiae i P. caudatum) w którego poznaniu uczestniczyli pracownicy IBB PAN. Konsorcjum zsekwencjonowało dwa szczepy ziemniaka DM1-3 516 R44 and RH 89-039-16. Szczep DM zsekwencjonowano metodą "shotgun" wykorzystując m. in. platformę sekwencjonowań genomowych IBB PAN (sekwenator Roche GS FLX Titanium 454). Metodami ab initio określono zasób genów kodowanych przez otrzymane sekwencje. Wyniki zweryfikowano analizami transkryptomu objawiającego się w różnych tkankach, czy stadiach rozwojowych oraz w wyniku kontrolowanego stresu. Sumarycznie zidentyfikowano w otrzymanej sekwencji 39031 genów kodujących białka. 25,3% tych genów koduje transkrypty mogące podlegać alternatywnemu składaniu, a więc kontrolujące średnio 2-3 odmienne białka. Wydaje się więc, że w genomie ziemniaka zakodowana jest informacja na temat syntezy ok. 100,000 różnych białek. Porównanie sekwencji DM and RH dowodzi, że ziemniak to roślina wysoce heterozygotyczna. Mutacje punktowe (SNP) występują średnio co 40 nukleotydów, a insercje lub delecje co 394 pary zasad. Wskazuje to wyraźnie, że genom ziemniaka jest niestabilny, co zapewne znajduje swoje odbicie w łatwej degeneracji odmian uprawnych.
EN
In mid-July 2011 Nature published the paper "Genome sequence and analysis of the tuber crop potato" by the Potato Genome Sequencing Consortium - PGSC. This international consortium consisted of 32 teams from 14 countries that are significant potato producers are active in potato breeding programs. The Polish team, representing the PAS Institute of Biochemistry and Biophysics, co-authored the paper, which was signed by 94 consortium members from 25 leading institutions. The work, begun in 2007, was funded by the participating countries' governments - including Poland's Ministry of Science and Higher Education - within the 47/PGS/2006/01. After the yeast and paramecium genomes this is the third large genome sequencing in which IBB teams have participated. Consortium sequenced two strains of potato DM1-3 516 R44 and RH 89-039-16. The DM strain was sequenced by the consortium using the "Shotgun method" on genome sequencing platforms, one of which was created in Warsaw (Roche GS FLX Titanium 454 sequencer).The second strain sequenced was a laboratory S. tuberosum heterodiploid RH 89-039-16. Ab initio predictions of genes and their functions were verified by RNA transcriptome analysis done for various tissues, development stages and under stress. This allowed for the identification of 39031 gene-coding proteins. 25,3% of these genes produce RNA that undergoes splicing, coding for an average of 2-3 different proteins. It therefore seems that the potato genome codes for approximately 100 000 different proteins. Comparisons of the DM and RH sequences show that the potato exhibits high heterozygosity. Single-nucleotiste polymorphisms (SNP) are encountered on average every 40 nucleotides, while insertions or deletions (so-called indel) of an average length of 12.8 nucleotides are encountered on average every 394 base pairs. This data clearly shows that gene damage in the potato genome is a frequent occurrence, which accounts for the easy degeneration of industrial strains.
Keywords
Journal
Year
Volume
60
Issue
3-4
Pages
491-497
Physical description
Dates
published
2011
Contributors
  • Instytut Biochemii i Biofizyki PAN, Pawińskiego 5a, 02-106 Warszawa, Polska
author
  • Instytut Biochemii i Biofizyki PAN, Pawińskiego 5a, 02-106 Warszawa, Polska
  • Instytut Biochemii i Biofizyki PAN, Pawińskiego 5a, 02-106 Warszawa, Polska
  • Instytut Biochemii i Biofizyki PAN, Pawińskiego 5a, 02-106 Warszawa, Polska
References
  • Aury J. M., Jaillon O., Duret L., Noel B., Jubin C., Porcel B. M. i współaut., 2006., Global trends of whole-genome duplications revealed by the ciliate Paramecium tetraurelia. Nature 444, 171-178.
  • Goffeau A. R. Aert, M. L. Agostini-Carbone, A. Achmed et al., 1997. The Yeast Genome Directory. Nature 387 (Suppl.), 5.
  • Górecki R. K., Koryszewska-Bagińska A., Gołębiewski M., Żylińska J., Grynberg M., Bardowski J. K., 2011. Adaptative Potential of the Lactococcus Lactis IL594 Strain Encoded in Its 7 Plasmids, PloS ONE 6, 1-12.
  • Li R., Li Y., Kristiansen K., Wang J, 2008. SOAP: short oligonucleotide alignment program., Bioinformatics 24, 713-714.
  • Li R., Yu C.,Li Y., Lam T.-W., Yiu S.-M., Kristiansen K., Wang J., 2009. SOAP2: an improved ultrafast tool for short read alignment. Bioinformatics 25, 1966-1967
  • Łobocka M. B., Rose D. J., Plunkett I. G., Rusin M., Samojedny A., Lehnherr H., Yarmolinsky M. B., Blattner F. R., 2004. Genome of bacteriophage P1. J. Bacteriol. 186, 7032-7068.
  • Plader W., Yukawa Y., Sugiura M., Malepszy S., 2007. The complete structure of the cucumber (Cucumis sativus L) chloroplast genome: its composition and comparative analyis. Cell. Mol. Biol. Lett. 12, 584-594.
  • Wóycicki R., Witkowicz J., Gawroński P., Dąbrowska J., Lomsadze A, Pawełkowicz M., Siedlecka E., Yagi K., Pląder W., Seroczyńska A., Śmiech M., Gutman W. i współaut., 2011.Genome sequence of the North-European cucumber (Cucumis sativus L.) unravels evolutionary adaptation mechanisms in plants. PloS ONE 6, e 22728.
  • Zagulski M., Nowak J. K., Le Mouël A., Nowacki M., Migdalski A., Gromadka R., Noël B., Blanc I., Dessen P., Wincker P., Keller A. M., Cohen J., Meyer E., Sperling L., 2004. High coding density on the largest Paramecium tetraurelia somatic chromosome. Curr Biol 14,1397-1404.
Document Type
Publication order reference
Identifiers
YADDA identifier
bwmeta1.element.bwnjournal-article-ksv60p491kz
JavaScript is turned off in your web browser. Turn it on to take full advantage of this site, then refresh the page.